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基于擬比對CNN方法的人類p53癌癥基因二級數(shù)據(jù)庫構(gòu)建及分析

王丹丹; 李晨鴻; 徐海陽; 蔡蓉; 朱平 江南大學理學院; 江蘇無錫214122

摘要：以NCBI維護的一級數(shù)據(jù)庫為數(shù)據(jù)源建立人類癌癥p53核苷酸序列二級數(shù)據(jù)庫,該數(shù)據(jù)庫設(shè)計主要包括4個方面:癌癥信息、p53序列信息、樣本信息和參考文獻信息。以XML格式為中間格式保存一級數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù),并通過解析提交到二級數(shù)據(jù)庫,初步實現(xiàn)數(shù)據(jù)的檢索、鏈接和統(tǒng)計分析等功能。本文提出一種擬比對CNN方法對p53癌癥基因序列進行比對分析,通過改善傳統(tǒng)CNN相似度評估公式,增強兩序列全局比對相似度的敏感性和可靠性。結(jié)果表明,將改進的序列比對算法應(yīng)用于乳腺癌和非小細胞肺癌p53外顯子基因序列比對,發(fā)現(xiàn)外顯子5突變后序列比對結(jié)果存在較大差異,可以作為區(qū)別這兩種癌癥的參考。此外,通過將一級數(shù)據(jù)庫以XML形式轉(zhuǎn)化成二級數(shù)據(jù)庫,實現(xiàn)了網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)與本地數(shù)據(jù)的動態(tài)交換。

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