雞小黃卵泡環狀RNA的鑒定和功能分析
摘要：雞(Gallus gallus)卵泡膜和卵泡顆粒細胞與哺乳動物的功能不同,雞卵泡發育過程中最重要的是小黃卵泡(small yellow follicle, SYF)的發育。為研究雞小黃卵泡環狀RNA (circular RNA, circRNA)的表達水平,豐富雞的卵泡發育理論,本研究以京海黃雞小黃卵泡顆粒細胞(granulosa cells of SYF, SYFG)和膜細胞(theca cells of SYF, SYFT)為實驗對象,去除總RNA中的線性RNA,然后通過Illumina Hi-Seq 4000測序平臺進行測序,經生物信息學分析初步篩選出差異表達的circRNAs。然后利用基因本體(Gene Ontoloty, GO)和京都基因與基因組百科全書(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)對差異表達circRNAs的母源基因進行功能注釋和富集分析。結果顯示,SYFG和SYFT中共鑒定出9 904個circRNAs,其中4 199個circRNAs在兩種細胞中均廣泛表達,在膜細胞中表達數量更高;特征分析發現,circRNAs在染色體上廣泛分布,染色體越長則分布越多,circRNA長度主要分布在100~400 nt之間,平均長度為296 nt;共有625個circRNAs在兩種細胞中差異表達,其中在SYFG中上調表達271個,在SYFT中上調表達354個;在SYFG中上調表達的circRNAs參與細胞增殖、細胞識別、脂肪酸合成、脂類代謝等過程,經分析得到候選基因TOX高遷移率蛋白家族成員2 (TOX high mobility group box family member 2, TOX2)、胰島素樣生長因子受體1 (insulin like growth factor 1 receptor, IGF1R)和磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亞單位β(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit β, PIK3CB);在SYFT中上調表達的circRNAs集中于核苷酸結合、粘著吸附、促性腺激素釋放激素(gonadotropin releasing hormone, GnRH)等信號通路,經分析得到候選基因單胺氧化酶A(monoamine oxidase A, MAOA)、成纖維細胞生長因子受體(fibroblast growth factor receptor 2, FGFR2)和絲裂原活化蛋白激酶1 (mitogen-activated protein kinase 1, MAPK1)。綜上所述,本研究篩選出的circRNAs可能主?
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