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摘要：雞(Gallus gallus)卵泡膜和卵泡顆粒細(xì)胞與哺乳動(dòng)物的功能不同,雞卵泡發(fā)育過(guò)程中最重要的是小黃卵泡(small yellow follicle, SYF)的發(fā)育。為研究雞小黃卵泡環(huán)狀RNA (circular RNA, circRNA)的表達(dá)水平,豐富雞的卵泡發(fā)育理論,本研究以京海黃雞小黃卵泡顆粒細(xì)胞(granulosa cells of SYF, SYFG)和膜細(xì)胞(theca cells of SYF, SYFT)為實(shí)驗(yàn)對(duì)象,去除總RNA中的線性RNA,然后通過(guò)Illumina Hi-Seq 4000測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序,經(jīng)生物信息學(xué)分析初步篩選出差異表達(dá)的circRNAs。然后利用基因本體(Gene Ontoloty, GO)和京都基因與基因組百科全書(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)對(duì)差異表達(dá)circRNAs的母源基因進(jìn)行功能注釋和富集分析。結(jié)果顯示,SYFG和SYFT中共鑒定出9 904個(gè)circRNAs,其中4 199個(gè)circRNAs在兩種細(xì)胞中均廣泛表達(dá),在膜細(xì)胞中表達(dá)數(shù)量更高;特征分析發(fā)現(xiàn),circRNAs在染色體上廣泛分布,染色體越長(zhǎng)則分布越多,circRNA長(zhǎng)度主要分布在100~400 nt之間,平均長(zhǎng)度為296 nt;共有625個(gè)circRNAs在兩種細(xì)胞中差異表達(dá),其中在SYFG中上調(diào)表達(dá)271個(gè),在SYFT中上調(diào)表達(dá)354個(gè);在SYFG中上調(diào)表達(dá)的circRNAs參與細(xì)胞增殖、細(xì)胞識(shí)別、脂肪酸合成、脂類代謝等過(guò)程,經(jīng)分析得到候選基因TOX高遷移率蛋白家族成員2 (TOX high mobility group box family member 2, TOX2)、胰島素樣生長(zhǎng)因子受體1 (insulin like growth factor 1 receptor, IGF1R)和磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亞單位β(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit β, PIK3CB);在SYFT中上調(diào)表達(dá)的circRNAs集中于核苷酸結(jié)合、粘著吸附、促性腺激素釋放激素(gonadotropin releasing hormone, GnRH)等信號(hào)通路,經(jīng)分析得到候選基因單胺氧化酶A(monoamine oxidase A, MAOA)、成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子受體(fibroblast growth factor receptor 2, FGFR2)和絲裂原活化蛋白激酶1 (mitogen-activated protein kinase 1, MAPK1)。綜上所述,本研究篩選出的circRNAs可能主?

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