EB病毒再激活后鼻咽癌細胞系中基因表達差異分析
摘要：目的：利用生物信息學方法從EB病毒再激活的鼻咽癌細胞系基因表達譜中篩選差異表達基因,并分析它們之間的互相作用關系。方法：利用edg R包等相關軟件從基因表達譜中篩選差異表達的基因,分析它們之間的互相作用關系,并對其進行在線GO分析、KEGG富集分析及蛋白互作分析。結果：共篩選出4496個差異表達基因,包括1954個上調基因和2542個下調基因。GO分析結果顯示,差異表達基因在生物過程（BP）中顯著富集,包括病毒應答、Ⅰ型干擾素信號通路、γ干擾素介導的信號傳導途徑、病毒防御反應、膽固醇生物合成過程、氧化還原過程、類異戊二烯生物合成過程、類固醇代謝過程、脂質代謝過程和花生四烯酸代謝過程;在分子功能（MF）中,包括絲氨酸型內肽酶活性、蛋白同二聚化活性、醛脫氫酶（NAD）活性、氧氣結合、3-氯烯丙基醛脫氫酶活性、血紅素結合、谷胱甘肽轉移酶活性、氧化還原酶活性、鐵離子結合和藥物結合;在細胞組分（CC）中,包括胞外體、細胞質、細胞器膜、基底外側質膜、胞外空間、內質網膜、內質網、過氧化物酶體、線粒體、頂端質膜。KEGG通路分析顯示,差異表達基因在代謝途徑、抗生素生物合成、萜類骨架生物合成、化學致癌作用、丙型肝炎、膽汁分泌、細胞色素P450代謝外源性物質、氨基酸生物合成、類固醇生物合成、精氨酸和脯氨酸代謝等信號通路中顯著富集。在蛋白互作分析網絡中篩選出10個節點度最高的核心基因MAPK3、IRF7、IRF9、IFI6、TRIM22、IFI27、OAS2、TRIM31、HLA-F和MX1。結論：通過基因芯片對比篩選,EB病毒經化學物質再激活后引起宿主細胞多個基因表達發生變化,為相關臨床研究提供了重要的信息基礎。
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