基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的齒緣刺獵蝽微衛(wèi)星分子標(biāo)記開(kāi)發(fā)
摘要:【目的】齒緣刺獵蝽Sclomina erinacea是我國(guó)獵蝽科天敵昆蟲(chóng)常見(jiàn)種類,其不同地理種群存在明顯形態(tài)差異。本研究旨在利用已經(jīng)獲得的齒緣刺獵蝽轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)篩選微衛(wèi)星位點(diǎn),為齒緣刺獵蝽種群遺傳多樣性和遺傳分化研究開(kāi)發(fā)可靠的微衛(wèi)星分子標(biāo)記。【方法】基于高通量測(cè)序技術(shù)平臺(tái)Illumina HiSeqTM 2000獲得齒緣刺獵蝽轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)(42 215條unigenes),利用MISA軟件進(jìn)行搜索發(fā)掘SSR標(biāo)記;利用Primer Premier 3軟件設(shè)計(jì)SSR引物,從中隨機(jī)選取54對(duì)SSR引物,利用PCR技術(shù)在中國(guó)齒緣刺獵蝽9個(gè)地理種群上進(jìn)行驗(yàn)證。【結(jié)果】利用MISA軟件搜索到微衛(wèi)星位點(diǎn)2 395個(gè),它們分布在2 107條unigenes上,其主要重復(fù)類型是三核苷酸重復(fù)(占總SSR的44.43%),其次是二核苷酸重復(fù)(占總SSR的40.08%),再次是四核苷酸重復(fù)(占總SSR的12.94%)。利用Primer Premier 3軟件成功設(shè)計(jì)出2 000余對(duì)SSR引物。隨機(jī)選取的54對(duì)引物對(duì)9個(gè)齒緣刺獵蝽不同地理種群進(jìn)行的SSR位點(diǎn)PCR擴(kuò)增結(jié)果表明,共有16對(duì)引物較好地?cái)U(kuò)增出目的片段。【結(jié)論】研究表明利用齒緣刺獵蝽轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可以大量發(fā)掘微衛(wèi)星分子標(biāo)記。本研究為進(jìn)一步開(kāi)展齒緣刺獵蝽的種群遺傳學(xué)研究奠定了基礎(chǔ)。
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