樣本數量和終質量濃度對DNA混合池PCR擴增質量和測序效果的影響
摘要：為篩選適宜的DNA混合池法,采用兩因素交叉分組設計,以混合樣本數量(20、60和150個)和終質量濃度(50、100和150ng/μL)為組合因子,分析不同混合池對PCR擴增質量及SNPs檢出率的影響。結果表明:在同一混合樣本數量下,以終質量濃度100ng/μL建立的DNA混合池擴增的PCR產物純度和OD260/OD280均優于50ng/μL,但對測序結果無顯著影響;以終質量濃度150ng/μL建立的DNA混合池擴增的PCR產物雜帶較多,不符合測序要求。在同一混合樣本終質量濃度下,混合樣本數越多,SNPs檢出率越高。綜上,從PCR擴增質量、SNPs檢出率和試驗成本來分析,以混合樣本150個、終質量濃度100ng/μL組合建立的DNA混合池效果最好。
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