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樣本數(shù)量和終質(zhì)量濃度對DNA混合池PCR擴增質(zhì)量和測序效果的影響

徐建峰; 容維中; 石福岳; 王燕燕; 董和; 高博; 張艷麗; 李振明 甘肅省畜牧獸醫(yī)研究所; 甘肅平?jīng)?44000; 平?jīng)鍪修r(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全檢測檢驗中心; 甘肅平?jīng)?44000; 寧縣畜牧獸醫(yī)局; 甘肅寧縣745200

摘要：為篩選適宜的DNA混合池法,采用兩因素交叉分組設(shè)計,以混合樣本數(shù)量(20、60和150個)和終質(zhì)量濃度(50、100和150ng/μL)為組合因子,分析不同混合池對PCR擴增質(zhì)量及SNPs檢出率的影響。結(jié)果表明:在同一混合樣本數(shù)量下,以終質(zhì)量濃度100ng/μL建立的DNA混合池擴增的PCR產(chǎn)物純度和OD260/OD280均優(yōu)于50ng/μL,但對測序結(jié)果無顯著影響;以終質(zhì)量濃度150ng/μL建立的DNA混合池擴增的PCR產(chǎn)物雜帶較多,不符合測序要求。在同一混合樣本終質(zhì)量濃度下,混合樣本數(shù)越多,SNPs檢出率越高。綜上,從PCR擴增質(zhì)量、SNPs檢出率和試驗成本來分析,以混合樣本150個、終質(zhì)量濃度100ng/μL組合建立的DNA混合池效果最好。

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