小麥SBP基因家族生物信息學(xué)分析
摘要：SBP基因家族是植物所特有的一類重要轉(zhuǎn)錄因子,含79個(gè)氨基酸殘基保守結(jié)構(gòu)域,主要參與植物生長(zhǎng)發(fā)育、生理生化過(guò)程。為進(jìn)一步探討小麥SBP基因家族的基因功能,通過(guò)比對(duì)小麥最新基因組數(shù)據(jù),結(jié)合公布的Chinese Spring的基因組數(shù)據(jù),采用生物信息學(xué)方法對(duì)其基因結(jié)構(gòu)、染色體分布、蛋白保守結(jié)構(gòu)域、系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)及表達(dá)譜進(jìn)行分析。結(jié)果獲得了50個(gè)SBP基因,命名為TaSBPs,根據(jù)染色體編號(hào)排列為TaSBP1~TaSBP50。結(jié)果表明,50個(gè)小麥TaSBP基因分布于除4B、4D染色體外的其余19條染色體上,編碼192~1104個(gè)氨基酸,基因外顯子數(shù)量2~11個(gè)變化不等;串聯(lián)重復(fù)和片段復(fù)制是小麥SBP家族基因擴(kuò)張的主要模式;7種作物SBP基因的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)可分為4個(gè)類別,同一類之間的結(jié)構(gòu)較為相似;小麥50個(gè)TaSBP基因家族含有10個(gè)motif,推測(cè)小麥TaSBP基因家族應(yīng)都含有motif1、motif2、motif4。50個(gè)TaSBP基因都在13個(gè)組織器官中檢測(cè)到轉(zhuǎn)錄本,不同組織器官中TaSBP基因的表達(dá)存在明顯的差異。
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