小麥SBP基因家族生物信息學(xué)分析
摘要:SBP基因家族是植物所特有的一類重要轉(zhuǎn)錄因子,含79個氨基酸殘基保守結(jié)構(gòu)域,主要參與植物生長發(fā)育、生理生化過程。為進一步探討小麥SBP基因家族的基因功能,通過比對小麥最新基因組數(shù)據(jù),結(jié)合公布的Chinese Spring的基因組數(shù)據(jù),采用生物信息學(xué)方法對其基因結(jié)構(gòu)、染色體分布、蛋白保守結(jié)構(gòu)域、系統(tǒng)進化樹及表達譜進行分析。結(jié)果獲得了50個SBP基因,命名為TaSBPs,根據(jù)染色體編號排列為TaSBP1~TaSBP50。結(jié)果表明,50個小麥TaSBP基因分布于除4B、4D染色體外的其余19條染色體上,編碼192~1104個氨基酸,基因外顯子數(shù)量2~11個變化不等;串聯(lián)重復(fù)和片段復(fù)制是小麥SBP家族基因擴張的主要模式;7種作物SBP基因的系統(tǒng)進化樹可分為4個類別,同一類之間的結(jié)構(gòu)較為相似;小麥50個TaSBP基因家族含有10個motif,推測小麥TaSBP基因家族應(yīng)都含有motif1、motif2、motif4。50個TaSBP基因都在13個組織器官中檢測到轉(zhuǎn)錄本,不同組織器官中TaSBP基因的表達存在明顯的差異。
注: 保護知識產(chǎn)權(quán),如需閱讀全文請聯(lián)系華北農(nóng)學(xué)報雜志社