雪菜BjSnRK2C基因的克隆及生物信息學分析
摘要：SnRK2家族基因編碼植物體內一類絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶,是ABA通路中影響植物抗逆能力的關鍵調控基因。基于SnRK2成員cDNA的保守區序列信息,利用RT-PCR與SON-PCR相結合的方法從雪菜中克隆了一個SnRK2全長cDNA序列,命名為BjSnRK2C。測序結果顯示,該cDNA序列全長1380bp,包含一個137bp的3'-非翻譯區,一個214bp的5'-非翻譯區,一個1029bp的完整開放閱讀框,編碼342個氨基酸,在GenBank數據庫的登錄號為MF983711。BjSnRK2C蛋白激酶理論分子量為38.2ku,理論等電點為5.61,屬于親水性蛋白,存在2個顯著跨膜結構域,含有30處磷酸化位點,沒有信號肽,最可能定位的位置是在細胞質上。BjSnRK2C蛋白激酶的二級結構具有130個α-螺旋、126個無規則卷曲、59個延伸鏈和27個β-轉角。BjSnRK2C蛋白包含1個絲氨酸/蘇氨酸酶活性結構域和1個ATP結合位點,同擬南芥AtSnRK2.8蛋白激酶親緣關系最近,處在同一進化分枝。雪菜BjSnRK2C蛋白激酶的三級結構與擬南芥AtSnRK2.8蛋白激酶極為相似,推測它們具有類似的功能。BjSnRK2C蛋白激酶的C末端僅含有結構域Ⅰ,缺少結構域Ⅱ,暗示雪菜BjSnRK2C基因在參與非生物脅迫過程中很可能也是不依賴ABA調控通路的。研究結果可為今后深入研究BjSnRK2C功能奠定理論基礎。
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