腎透明細(xì)胞癌基因表達(dá)譜芯片的生物信息學(xué)分析
摘要:目的 利用生物信息學(xué)的方法分析腎透明細(xì)胞癌(ccRCC)相關(guān)基因功能富集、通路及關(guān)鍵基因的臨床意義。方法 從TCGA和GEO下載ccRCC的RNA測序數(shù)據(jù)和芯片數(shù)據(jù),利用R語言篩選出差異基因。然后利用metascape進(jìn)行通路和功能富集,利用STRING 網(wǎng)站和 Cytoscape 軟件構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò),同時(shí)從PPI網(wǎng)絡(luò)中篩選出關(guān)鍵基因。最后利用OncoLnc網(wǎng)站對CCL5、TYROBP、LILRB2和MMP9做生存分析。結(jié)果 總共篩選出660個(gè)差異基因,這些差異基因與白細(xì)胞遷移、細(xì)胞黏附調(diào)節(jié)和免疫應(yīng)答正調(diào)節(jié)等通路密切相關(guān)。在PPI網(wǎng)絡(luò)中,得到兩個(gè)意義顯著的功能模塊和15個(gè)關(guān)鍵基因。在這15個(gè)關(guān)鍵基因中,CCL5、TYROBP、LILRB2和MMP9表達(dá)的高低與ccRCC患者的生存率明顯相關(guān)。結(jié)論 通過對ccRCC基因表達(dá)譜芯片的生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn),CCL5、TYROBP、LILRB2和MMP9基因可能在ccRCC的發(fā)生發(fā)展過程中起重要作用。
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