腎透明細胞癌基因表達譜芯片的生物信息學分析
摘要：目的 利用生物信息學的方法分析腎透明細胞癌（ccRCC）相關基因功能富集、通路及關鍵基因的臨床意義。方法 從TCGA和GEO下載ccRCC的RNA測序數據和芯片數據，利用R語言篩選出差異基因。然后利用metascape進行通路和功能富集，利用STRING 網站和 Cytoscape 軟件構建蛋白質-蛋白質相互作用（PPI）網絡，同時從PPI網絡中篩選出關鍵基因。最后利用OncoLnc網站對CCL5、TYROBP、LILRB2和MMP9做生存分析。結果 總共篩選出660個差異基因，這些差異基因與白細胞遷移、細胞黏附調節和免疫應答正調節等通路密切相關。在PPI網絡中，得到兩個意義顯著的功能模塊和15個關鍵基因。在這15個關鍵基因中，CCL5、TYROBP、LILRB2和MMP9表達的高低與ccRCC患者的生存率明顯相關。結論 通過對ccRCC基因表達譜芯片的生物信息學分析發現，CCL5、TYROBP、LILRB2和MMP9基因可能在ccRCC的發生發展過程中起重要作用。
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