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大鼠C6腦膠質(zhì)瘤模型的基因表達(dá)譜分析

王丹; 沙巖; 胡俊峰; 彭繪宇; 高殿帥 徐州醫(yī)科大學(xué)醫(yī)學(xué)信息學(xué)院; 徐州221004; 徐州醫(yī)科大學(xué)神經(jīng)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)中心; 徐州221004

摘要:目的:篩選和分析大鼠膠質(zhì)瘤模型與正常星型膠質(zhì)細(xì)胞中的差異表達(dá)基因。方法:構(gòu)建大鼠C6顱內(nèi)膠質(zhì)瘤模型,利用Illumina Hi Seq 4000技術(shù)對(duì)大鼠膠質(zhì)瘤模型的膠質(zhì)細(xì)胞和正常星形膠質(zhì)細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序并對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行功能注釋。以q值〈0. 05為標(biāo)準(zhǔn)篩選差異表達(dá)基因,并通過GO和KEGG數(shù)據(jù)庫分析其功能和參與的信號(hào)通路。結(jié)果:較之正常星形膠質(zhì)細(xì)胞,大鼠膠質(zhì)瘤模型組細(xì)胞共篩選得到9221個(gè)差異表達(dá)基因,其中4604個(gè)基因表達(dá)上調(diào),4617個(gè)基因表達(dá)下調(diào); GO富集結(jié)果表明:這些差異表達(dá)基因共映射到575個(gè)GO term,與各類結(jié)合相關(guān)的分子如蛋白結(jié)合、離子結(jié)合、小分子結(jié)合、核苷酸結(jié)合等功能富集顯著; KEGG富集結(jié)果表明:差異表達(dá)基因共參與22條通路,富集最多的是癌癥發(fā)生通路、MAPK通路、胞吞通路和黏著斑通路。結(jié)論:成功獲取大鼠膠質(zhì)瘤模型細(xì)胞與正常膠質(zhì)細(xì)胞的基因表達(dá)譜,差異表達(dá)基因富集在癌癥發(fā)生通路、MAPK通路、胞吞作用通路和黏著斑等生物學(xué)通路,這些信號(hào)通路可能在膠質(zhì)瘤發(fā)生發(fā)展過程中發(fā)揮重要作用,對(duì)其進(jìn)一步分析將為臨床治療膠質(zhì)瘤提供新的靶點(diǎn)。

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