撒壩豬SPDEF基因克隆及其生物信息學分析
摘要：為明確豬SPDEF基因的遺傳特性,試驗對不同豬種SPDEF基因的CDS區進行序列擴增、測序、拼接,并對撒壩豬SPDEF基因CDS序列進行生物信息學分析。采用PCR直接測序法測定豬SPDEF基因外顯子序列,運用SeqMan進行序列拼接。采用生物信息學軟件分析撒壩豬SPDEF基因開放閱讀框及其編碼蛋白的基本理化性質、疏水性、信號肽、跨膜區、亞細胞定位、磷酸化位點、糖基化位點、二級結構、三級結構、功能結構域,并構建系統進化樹。結果表明,各豬種SPDEF基因編碼區僅在外顯子1、2分別檢測到1個同義突變(C13971T、C16541T),表明該基因編碼區在所檢測的豬群中高度保守。生物信息學分析發現,該基因有1個長1 092 bp的完整開放閱讀框;SPDEF蛋白中絲氨酸(Ser)含量最高(10.7%),體外理論半衰期為30 h,屬于不穩定的親水性蛋白;該蛋白不存在信號肽及跨膜結構,存在39個潛在的磷酸化位點和1個糖基化位點,亞細胞定位于細胞質;二級結構預測中,參與無規則卷曲的氨基酸最多(55.10%),其次是α-螺旋(28.37%);功能結構域預測發現,該蛋白存在1個ETS功能結構域和1個SAM-PNT功能結構域。系統進化樹結果顯示,撒壩豬與牛、綿羊和山羊的親緣關系較近。本研究為進一步分析撒壩豬SPDEF基因的功能奠定了一定的理論基礎。
注: 保護知識產權,如需閱讀全文請聯系中國畜牧獸醫雜志社
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