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摘要：為明確豬SPDEF基因的遺傳特性,試驗(yàn)對(duì)不同豬種SPDEF基因的CDS區(qū)進(jìn)行序列擴(kuò)增、測(cè)序、拼接,并對(duì)撒壩豬SPDEF基因CDS序列進(jìn)行生物信息學(xué)分析。采用PCR直接測(cè)序法測(cè)定豬SPDEF基因外顯子序列,運(yùn)用SeqMan進(jìn)行序列拼接。采用生物信息學(xué)軟件分析撒壩豬SPDEF基因開(kāi)放閱讀框及其編碼蛋白的基本理化性質(zhì)、疏水性、信號(hào)肽、跨膜區(qū)、亞細(xì)胞定位、磷酸化位點(diǎn)、糖基化位點(diǎn)、二級(jí)結(jié)構(gòu)、三級(jí)結(jié)構(gòu)、功能結(jié)構(gòu)域,并構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)。結(jié)果表明,各豬種SPDEF基因編碼區(qū)僅在外顯子1、2分別檢測(cè)到1個(gè)同義突變(C13971T、C16541T),表明該基因編碼區(qū)在所檢測(cè)的豬群中高度保守。生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn),該基因有1個(gè)長(zhǎng)1 092 bp的完整開(kāi)放閱讀框;SPDEF蛋白中絲氨酸(Ser)含量最高(10.7%),體外理論半衰期為30 h,屬于不穩(wěn)定的親水性蛋白;該蛋白不存在信號(hào)肽及跨膜結(jié)構(gòu),存在39個(gè)潛在的磷酸化位點(diǎn)和1個(gè)糖基化位點(diǎn),亞細(xì)胞定位于細(xì)胞質(zhì);二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)中,參與無(wú)規(guī)則卷曲的氨基酸最多(55.10%),其次是α-螺旋(28.37%);功能結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)發(fā)現(xiàn),該蛋白存在1個(gè)ETS功能結(jié)構(gòu)域和1個(gè)SAM-PNT功能結(jié)構(gòu)域。系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)結(jié)果顯示,撒壩豬與牛、綿羊和山羊的親緣關(guān)系較近。本研究為進(jìn)一步分析撒壩豬SPDEF基因的功能奠定了一定的理論基礎(chǔ)。

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