LPS刺激對人結(jié)腸癌SW480細胞基因表達的影響
摘要：目的研究結(jié)直腸癌細胞炎癥模型中基因表達的變化以及所涉及的信號通路。方法利用脂多糖（LPS）刺激SW480細胞1、3、6小時后提取RNA構(gòu)建測序文庫進行轉(zhuǎn)錄組測序,對表達有變化的基因歸類,并進行京都基因與基因組百科全書（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）分析,對分析結(jié)果進行實時熒光定量PCR驗證。結(jié)果發(fā)現(xiàn)LPS刺激SW480細胞1、3、6小時后,3個時間點表達均有顯著變化的基因有250個。對這些差異表達的基因進行了KEGG信號通路富集分析發(fā)現(xiàn)利用脂多糖刺激構(gòu)建的炎癥模型里,TNF-α激活和NF-κB信號通路活化最顯著。利用癌癥基因組圖譜（TCGA）數(shù)據(jù)庫進一步對表達持續(xù)上調(diào)或下調(diào)的基因進行分析發(fā)現(xiàn),部分基因在結(jié)腸癌標本中的表達趨勢與LPS刺激結(jié)腸癌細胞引起的表達變化趨勢一致。結(jié)論在利用脂多糖刺激構(gòu)建的結(jié)腸癌細胞炎癥模型中,炎癥過程中的基因表達變化可能與結(jié)腸癌的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。
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