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加急見(jiàn)刊

基于宏基因組比較分析石斑魚(yú)育苗兩種模式水體中的菌群多樣性和分布特點(diǎn)

孫敏秋; 林克冰; 葛輝; 黃種持; 鄭樂(lè)云; 周宸 福建省水產(chǎn)研究所; 福建省海洋生物增養(yǎng)殖與高值化利用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 福建廈門(mén)361013

摘要:為比較分析石斑魚(yú)育苗新舊模式水體中菌群的分布差異性,研究應(yīng)用高通量測(cè)序技術(shù)測(cè)定六批次(A1、A2、B1、B2、C1和C2)水樣的菌群16S r DNA V4變異區(qū)序列,并使用Qiime和Mothur等軟件整理和統(tǒng)計(jì)樣品序列數(shù)目和操作分類單元(OTUs)數(shù)量,分析物種的豐度、分布和Alpha多樣性以及物種豐度的差異性。結(jié)果顯示,獲得用于分析的序列和OTU數(shù)為667 27/3 724(A1)、66 418/3 391(A2)、87 403/3 980(B1)、57 519/3 438(B2)、62 349/3 530(C1)和66 673/3 004(C2);稀疏曲線表明測(cè)序深度充分,OTU的數(shù)量接近實(shí)際情況。A1、A2、B1、B2、C1和C2六個(gè)樣品的豐富度指數(shù)分別為6 535.21/8 872.16、6 583.85/8 855.40、8 062.60/10 640.49、6 878.85/9 352.25、6 859.85/9 295.45和5 291.87/6 868.28,多樣性指數(shù)分別為0.05/4.72、0.04/4.77、0.04/4.69、0.04/4.74、0.05/4.45和0.08/4.06。傳統(tǒng)模式育苗場(chǎng)暴發(fā)石斑魚(yú)病毒性神經(jīng)壞死病的同一時(shí)期,對(duì)兩種模式育苗水體中的菌群在門(mén)、屬水平分別進(jìn)行單樣品物種豐度、多樣品物種分布和物種豐度差異性分析。在門(mén)水平,兩種育苗模式育苗水體的優(yōu)勢(shì)菌群分布相似,但在屬水平,傳統(tǒng)模式育苗水體的優(yōu)勢(shì)菌群中易致病菌假單胞菌屬含量顯著高于新模式育苗水體。獲得了暴發(fā)病毒性神經(jīng)壞死病前后,石斑魚(yú)育苗新舊兩種模式共6批次育苗水樣的細(xì)菌均勻度、豐富度和菌群結(jié)構(gòu),推測(cè)石斑魚(yú)"生態(tài)優(yōu)化及病害防控人工育苗創(chuàng)新模式"可能有利于抑制致病菌,富集益生菌。

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