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基于宏基因組比較分析石斑魚育苗兩種模式水體中的菌群多樣性和分布特點(diǎn)

孫敏秋; 林克冰; 葛輝; 黃種持; 鄭樂云; 周宸 福建省水產(chǎn)研究所; 福建省海洋生物增養(yǎng)殖與高值化利用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 福建廈門361013

摘要:為比較分析石斑魚育苗新舊模式水體中菌群的分布差異性,研究應(yīng)用高通量測(cè)序技術(shù)測(cè)定六批次(A1、A2、B1、B2、C1和C2)水樣的菌群16S r DNA V4變異區(qū)序列,并使用Qiime和Mothur等軟件整理和統(tǒng)計(jì)樣品序列數(shù)目和操作分類單元(OTUs)數(shù)量,分析物種的豐度、分布和Alpha多樣性以及物種豐度的差異性。結(jié)果顯示,獲得用于分析的序列和OTU數(shù)為667 27/3 724(A1)、66 418/3 391(A2)、87 403/3 980(B1)、57 519/3 438(B2)、62 349/3 530(C1)和66 673/3 004(C2);稀疏曲線表明測(cè)序深度充分,OTU的數(shù)量接近實(shí)際情況。A1、A2、B1、B2、C1和C2六個(gè)樣品的豐富度指數(shù)分別為6 535.21/8 872.16、6 583.85/8 855.40、8 062.60/10 640.49、6 878.85/9 352.25、6 859.85/9 295.45和5 291.87/6 868.28,多樣性指數(shù)分別為0.05/4.72、0.04/4.77、0.04/4.69、0.04/4.74、0.05/4.45和0.08/4.06。傳統(tǒng)模式育苗場(chǎng)暴發(fā)石斑魚病毒性神經(jīng)壞死病的同一時(shí)期,對(duì)兩種模式育苗水體中的菌群在門、屬水平分別進(jìn)行單樣品物種豐度、多樣品物種分布和物種豐度差異性分析。在門水平,兩種育苗模式育苗水體的優(yōu)勢(shì)菌群分布相似,但在屬水平,傳統(tǒng)模式育苗水體的優(yōu)勢(shì)菌群中易致病菌假單胞菌屬含量顯著高于新模式育苗水體。獲得了暴發(fā)病毒性神經(jīng)壞死病前后,石斑魚育苗新舊兩種模式共6批次育苗水樣的細(xì)菌均勻度、豐富度和菌群結(jié)構(gòu),推測(cè)石斑魚"生態(tài)優(yōu)化及病害防控人工育苗創(chuàng)新模式"可能有利于抑制致病菌,富集益生菌。

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