云南干熱河谷地區余甘子轉錄組分析
摘要：[目的]對云南干熱河谷地區余甘子轉錄組特征進行描述,旨在為余甘子微衛星標記的開發和功能基因的挖掘提供較全面的背景信息。[方法]采用Illumina Hiseq 4000測序平臺對余甘子葉片進行轉錄組測序,對原始數據進行過濾、de novo組裝及聚類去冗余等處理后,再與公共數據庫進行比對,對Unigenes進行基本功能注釋、CDS預測、TF編碼能力預測及R-Gene預測等分析。[結果]本研究共獲得10. 52 Gb的Clean reads,Q20、Q30分別為98. 47%、95. 28%。組裝并去冗余后獲得76 881條Unigenes,平均長度、N50分別為713、1 257 nt。通過與NR、COG、KEGG和Swiss Prot數據庫進行比對,44 768條Unigenes獲得功能注釋。余甘子轉錄組Unigenes根據COG功能注釋信息大致分為25類;按GO功能注釋信息劃分為生物學過程、細胞組分和分子功能3大類47亞類;參考KEGG注釋信息,可歸為6大代謝通路、21類代謝途徑,其中約3/5為代謝相關通路。根據以上注釋結果共檢測出42 953個CDS,其余未比對上的Unigenes用ESTScan預測后得到2 058個CDS。同時,預測到56個TF家族以及18種RGene。[結論]本研究獲得的余甘子轉錄組Unigenes序列的組裝質量較高、完整性較好、基因豐富、功能多樣,極大地擴充了余甘子基因信息庫,為今后余甘子乃至葉下珠屬植物功能基因挖掘、抗性機理分析、分子標記開發、分子輔助育種等研究提供了重要的基礎數據。
注: 保護知識產權,如需閱讀全文請聯系林業科學研究雜志社
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