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摘要：[目的]對云南干熱河谷地區(qū)余甘子轉(zhuǎn)錄組特征進行描述,旨在為余甘子微衛(wèi)星標記的開發(fā)和功能基因的挖掘提供較全面的背景信息。[方法]采用Illumina Hiseq 4000測序平臺對余甘子葉片進行轉(zhuǎn)錄組測序,對原始數(shù)據(jù)進行過濾、de novo組裝及聚類去冗余等處理后,再與公共數(shù)據(jù)庫進行比對,對Unigenes進行基本功能注釋、CDS預測、TF編碼能力預測及R-Gene預測等分析。[結(jié)果]本研究共獲得10. 52 Gb的Clean reads,Q20、Q30分別為98. 47%、95. 28%。組裝并去冗余后獲得76 881條Unigenes,平均長度、N50分別為713、1 257 nt。通過與NR、COG、KEGG和Swiss Prot數(shù)據(jù)庫進行比對,44 768條Unigenes獲得功能注釋。余甘子轉(zhuǎn)錄組Unigenes根據(jù)COG功能注釋信息大致分為25類;按GO功能注釋信息劃分為生物學過程、細胞組分和分子功能3大類47亞類;參考KEGG注釋信息,可歸為6大代謝通路、21類代謝途徑,其中約3/5為代謝相關(guān)通路。根據(jù)以上注釋結(jié)果共檢測出42 953個CDS,其余未比對上的Unigenes用ESTScan預測后得到2 058個CDS。同時,預測到56個TF家族以及18種RGene。[結(jié)論]本研究獲得的余甘子轉(zhuǎn)錄組Unigenes序列的組裝質(zhì)量較高、完整性較好、基因豐富、功能多樣,極大地擴充了余甘子基因信息庫,為今后余甘子乃至葉下珠屬植物功能基因挖掘、抗性機理分析、分子標記開發(fā)、分子輔助育種等研究提供了重要的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。

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