基于馬尾松干旱轉錄組的抗旱功能SSR位點分析
摘要：[目的]了解馬尾松干旱脅迫轉錄組序列的功能分布和SSR位點分布特征,并探索與干旱關聯的SSR位點。[方法]對馬尾松幼苗進行持續干旱脅迫,選取干旱10、15、25 d及正常供水對照的馬尾松針葉樣品,通過總RNA提取、Illumina測序、raw reads去冗、Trinity拼接獲得unigenes。利用Blast比對,對Unigene序列進行GO、KOG、KEGG功能注釋及分類;利用Misa軟件進行SSR位點批量搜尋,primer 3. 0軟件進行規模化SSR引物設計;利用GOSeq（1. 10. 0）、KOBAS（v2. 0. 12）軟件對差異表達的含SSR位點Unigene進行GO、KEGG顯著性富集分析。[結果]馬尾松轉錄組194 821個Unigene中,101 806個Unigene獲得注釋,包含64 943個GO功能注釋、35 880個KOG功能注釋及30 882個KEGG注釋。搜尋到6 728個SSR位點,分布于6 367個Unigene中,SSR出現頻率為3. 45%;重復類型以單、三、二核苷酸為主,分別占總SSR的35. 82%、33. 03%和25. 22%;重復基序以A/T、AT/AT、AG/CT、AGC/CTG、AAG/CTT為主;基序長度以10 20 bp的短序列SSR為主;基序重復次數以5～10次重復占優勢;批量設計13 338對SSR引物。422個含SSR位點Unigene具有差異表達; KEGG富集分析發現,有11個含SSR位點的差異Unigene參與了光合作用、植物激素信號傳導及類胡蘿卜素合成等3個與干旱響應相關的代謝途徑。[結論]從較高質量的馬尾松轉錄組中獲得101 806個具有注釋的Unigene;從6 367個Unigene中挖掘出6 728個SSR位點; 422個含SSR位點的差異表達Unigene中篩選出11個與干旱關聯的SSR功能位點,為抗旱功能基因定位及馬尾松抗旱分子機制研究奠定基礎。
注: 保護知識產權,如需閱讀全文請聯系林業科學研究雜志社
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