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重建二倍體個體單體型的改進環基算法

鄔慧敏; 吳璟莉 廣西師范大學計算機科學與信息工程學院; 廣西桂林541004; 廣西師范大學廣西多源信息挖掘與安全重點實驗室; 廣西桂林541004; 廣西區域多源信息集成與智能處理協同創新中心; 廣西桂林541004

摘要：Hap Compass算法是求解最少帶權邊刪除模型（the minimum weighted edge removal,MWER）的有效啟發式方法,該算法采用刪除權值絕對值最小的邊的方式消除沖突環基,當同時存在多條權值絕對值最小的邊時,HapCompass隨機選擇刪除邊,導致求解方案的不確定性,降低重建效果。針對該問題,提出IHap Compass算法,改進去邊規則,利用00 11 和01 10分型的片段支持差異數與總片段數之間的比值來確定刪除邊,對隨機取值問題做出有效限定。此外,IHap Compass以單體型中0/1取值的概率為圖中孤立點賦值,明確孤立點取值。采用真實單體型數據進行測試,結果表明,IHap Compass算法在各種參數設置下,均能獲得較算法Hap Compass、DGS和Fast Hare更高的單體型重建率,具有較高的執行效率。該算法為求解二倍體個體單體型重建問題提供一定的參考。

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