大氣交通污染物對兒童外周血基因表達譜的影響分析
摘要：目的采用生物信息學研究方法分析大氣污染對兒童外周血基因表達譜的影響,為后期預防、診斷及治療提供一定的理論參考依據。方法從基因芯片公共數據庫(Gene Expression Omnibus, GEO)中下載一組來自不同大氣污染暴露下外周血基因芯片數據,并將數據導入分析軟件QOE3.1、GenClip2.0、GATHER等,分析基因表達譜、蛋白-蛋白相互作用網絡、分子生物學過程及基因功能,尋找大氣污染對兒童影響的關鍵節點基因。結果共發現差異表達基因2 172個。根據研究目的,對Fold Change≥3的223個兒童差異表達基因進行分析,結果表明這些靶基因主要參與細胞對外部刺激物的反應、細胞信號傳導、核苷磷酸結合等生物學功能。進一步分析發現,NR4A1、SGK1、TUBB1、PINK1和THOC3基因為蛋白-蛋白相互作用網絡中心節點,刪除這些節點蛋白后,網絡結構渙散,同時研究發現基因PINK1靈敏度和特異度最高,診斷價值最大。結論不同污染狀態下兒童基因表達不同,差異基因主要參與細胞對外部刺激物的反應、細胞信號傳導、核苷磷酸結合等生物學功能,基因PINK1的診斷能力最強。
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