可視化膜芯片技術用于結核分枝桿菌基因分型的研究
摘要：目的建立用于結核分枝桿菌間隔區寡核苷酸分型的膜芯片技術,并評估其應用價值。方法根據結核分枝桿菌直接重復序列43間隔子設計特異的分型探針并制作膜芯片,通過直接重復序列特異引物擴增基因組間隔子相應區段的DNA。擴增引物用生物素標記,擴增標記后的產物與芯片的探針雜交,根據顯色后產生的斑點確定標本的基因亞型。對175株臨床分離菌株用該方法進行分型,用傳統膜雜交法作對照。結果H37Rv和BCG菌株DNA擴增產物與膜芯片雜交,43條探針均出現雜交斑點。用膜芯片技術雜交獲得H37Rv和BCG菌株的基因亞型,與傳統固相膜雜交結果一致。用該法對175株臨床分離菌株進行分型,其中167株屬于4個已知的基因家族,最大的一個為北京家族,占62.9%(110/175)。北京家族中有107株為典型北京家族(1-34間隔區缺失),3株為北京樣基因型(Beijing-like),即非典型北京家族(35-43間隔區也有缺失)。T家族占30.9%(54/175),包括34株T1,14株T2,6株T3。2株Manu2和1株LAM9;未匹配8株,占4.6%(8/175)。膜芯片技術雜交結果與傳統膜雜交結果完全相同,耗時由膜雜交法的195 min縮短為22 min。方法的靈敏度為10個MTB/ml。結論膜芯片技術用于結核分枝桿菌間隔區寡核苷酸基因分型靈敏度高且簡便易行,適用于臨床流行病學追蹤與分析。
注: 保護知識產權,如需閱讀全文請聯系中國病原生物學雜志社
相關推薦
更多
