向日葵Hsp70基因家族成員的全基因組鑒定與生物信息學(xué)分析
摘要:熱激蛋白70 (heat shock protein 70, Hsp70)是細(xì)胞應(yīng)對(duì)高溫和其它逆境脅迫時(shí)所產(chǎn)生的一類分子伴侶類型應(yīng)激蛋白。本研究以向日葵(Helianthus annuus)基因組數(shù)據(jù)庫為基礎(chǔ),利用生物信息學(xué)方法對(duì)其Hsp70基因家族成員進(jìn)行鑒定和分析。結(jié)果表明,向日葵共有103個(gè)Hsp70基因家族成員,根據(jù)亞細(xì)胞定位結(jié)果可分為5種不同類型,分析了不同成員編碼蛋白的理化性質(zhì)。系統(tǒng)進(jìn)化分析結(jié)果顯示,HaHsp70基因家族成員分為9個(gè)分支,每個(gè)分支成員的結(jié)構(gòu)和功能相對(duì)保守。根據(jù)MEME軟件進(jìn)行保守基序分析,并鑒定了103個(gè)基因家族成員在向日葵17條染色體上的數(shù)量及分布情況,其中以15號(hào)染色體上分布最多,而11號(hào)染色體沒有成員分布。轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)分析展示了不同基因成員內(nèi)含子以及外顯子的結(jié)構(gòu)情況。本研究結(jié)果有助于了解向日葵Hsp70基因家族成員的情況,進(jìn)而為進(jìn)一步研究向日葵Hsp70基因家族成員的功能分析提供基礎(chǔ)。
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