藏經(jīng)洞寫(xiě)卷文書(shū)與大量的佛畫(huà)在經(jīng)過(guò)王道士最初的四處奉送、巴結(jié)官府人物、及賣出了一些之后，又分別于1907年、1908年經(jīng)斯坦因、伯希和的劫掠，至此，大半與精華已經(jīng)流散國(guó)外，那么所剩下的部分的命運(yùn)又是如何呢？

1909年5月，伯希和又受法國(guó)國(guó)立圖書(shū)館委托，從河內(nèi)出發(fā)，經(jīng)南京、天津，到北京購(gòu)買漢籍。這時(shí)，從藏經(jīng)洞劫得的大批文獻(xiàn)已安全運(yùn)抵巴黎，入藏法國(guó)國(guó)立圖書(shū)館。伯希和于是隨身攜帶一些敦煌珍本，如《尚書(shū)釋文》、《沙州圖經(jīng)》、《慧超往五天竺國(guó)傳》，《敦煌碑贊合集》等，來(lái)到北京，出示給北京的中國(guó)學(xué)者，目的是買好他們，以取得在收購(gòu)珍本漢籍時(shí)的幫助。伯希和首先到了南京，會(huì)見(jiàn)了即將調(diào)任直隸總督兼北洋大臣的兩江總督端方，正是由于他與當(dāng)時(shí)的要員端方的關(guān)系，因此到了北京后受到了當(dāng)時(shí)京師一批碩學(xué)鴻儒的盛情招待。當(dāng)時(shí)在北京的許多著名學(xué)者如羅振玉、蔣伯斧、王仁俊、董康等前住抄錄敦煌文獻(xiàn)，參觀者絡(luò)繹不絕。1909年9月4日在北京的六國(guó)飯店，在京的學(xué)界名人幾乎全都參加了這次招待伯希和的盛大的宴會(huì)。會(huì)上年少氣盛、得意過(guò)分的伯希和，坦言說(shuō)出這些寶物的由來(lái)，致使羅振玉等人如夢(mèng)驚醒，受到極大震動(dòng)。誰(shuí)也不可能想到，那萬(wàn)里之外的蠻荒大漠會(huì)有如此巨大的考古發(fā)現(xiàn)，并且已經(jīng)多半被這些穿越西域而來(lái)的西方探險(xiǎn)家們弄走了。這次活動(dòng)驚動(dòng)了中國(guó)學(xué)人，也是中國(guó)國(guó)內(nèi)第一次大范圍的對(duì)敦煌石室藏經(jīng)的了解，更是中國(guó)人第一次為國(guó)內(nèi)發(fā)現(xiàn)如此重要和珍貴的東西被劫掠國(guó)外而震驚，尤其使得一批有良知的文化界人士開(kāi)始考慮挽救國(guó)寶的問(wèn)題。

1909年中秋節(jié)，羅振玉首次訪問(wèn)伯希和于蘇州胡同，隨即得知敦煌石室還有大量寫(xiě)經(jīng)卷本，至少還有六朝和唐宗寫(xiě)本數(shù)千件，便急不可待地報(bào)告給學(xué)部，請(qǐng)學(xué)部發(fā)電報(bào)給陜甘總督毛實(shí)君，托他將劫余敦煌卷子購(gòu)送學(xué)部，并親自擬好了電文上呈學(xué)部。學(xué)者的大義具有一種感人的力量。他終于說(shuō)服了學(xué)部左丞喬樹(shù)楠，并由他電文，命令陜甘都督毛實(shí)君即刻封存莫高窟藏經(jīng)洞內(nèi)剩余的古物，嚴(yán)禁外國(guó)人購(gòu)買。學(xué)部還撥款庫(kù)銀3000兩，交給敦煌縣令陳藩盡量收集失散的經(jīng)卷文物。轉(zhuǎn)年，由新疆巡撫何彥升負(fù)責(zé)，把封存在藏經(jīng)洞內(nèi)的文獻(xiàn)古物全部解送到北京。羅振玉是敦煌遺書(shū)碰到的第一位恩人，但這并不意味著它的厄運(yùn)已經(jīng)結(jié)束。

押送進(jìn)京的任務(wù)交給了新疆巡撫何彥升押運(yùn)，押解差官是江西人傅某，前來(lái)押運(yùn)的清朝官吏很不用心，并沒(méi)有把藏經(jīng)洞文獻(xiàn)收拾干凈，而且沿途又遺失了不少。袋裝的敦煌遺書(shū)被搬了出來(lái)。帶著厚厚塵土扔在大車上。連木箱也沒(méi)有，只用草席捆扎遮蓋，有力的大手把堆滿車上的文獻(xiàn)剎緊。

王道士瘦小的身影呆在一旁，看上去不知所措。其實(shí)王道士好像早就料到這一點(diǎn)，在官府清點(diǎn)之前，他早把一些比較好的寫(xiě)本轉(zhuǎn)移收藏起來(lái)。就在這些卷子被封存在藏經(jīng)洞那段時(shí)間里，他早做過(guò)手腳，把許多珍貴的寫(xiě)本都盜取出來(lái)了。這兩個(gè)被他稱做“轉(zhuǎn)經(jīng)桶”的大木桶，就是他巧妙藏匿寫(xiě)本的地方。后來(lái)，英國(guó)人斯坦因再一次從王道士手里買到了大量寫(xiě)本。還有一部分在1911～1912年間被日本大谷探險(xiǎn)隊(duì)的吉川小一郎和橘瑞超買走，總數(shù)也有數(shù)百卷。大谷探險(xiǎn)隊(duì)的成員，沒(méi)有經(jīng)過(guò)考古學(xué)的訓(xùn)練，從他們?cè)谛陆I掘古墓的行徑來(lái)看，也不是虔誠(chéng)的佛教徒。他們得到敦煌寫(xiě)本后，既沒(méi)有編目，也沒(méi)有馬上放入博物館保存，以致后來(lái)流散各地，甚至不知所在。俄國(guó)人鄂登堡的收獲更是驚人，一次弄走古寫(xiě)本3000件以上。從敦煌到蘭州那些大大小小官員們從來(lái)沒(méi)拿藏經(jīng)洞當(dāng)回事，王道士才敢如此膽大包天。民國(guó)初年，甘肅和新疆一帶，經(jīng)常有人向外國(guó)人兜售這種古老珍奇的寫(xiě)本，其散失之嚴(yán)重可以想見(jiàn)！直到民國(guó)８年1919年，甘肅政府有了耳聞，又命令敦煌當(dāng)局查找流失的敦煌遺書(shū)時(shí)，再次把藏經(jīng)洞打開(kāi)，里邊居然還埋藏著94捆！中國(guó)的文化就這樣被無(wú)知荒唐地虐待著！

敦煌藏經(jīng)洞寶藏的惡運(yùn)還遠(yuǎn)沒(méi)有結(jié)束。

雖然藏經(jīng)洞寶藏在它被發(fā)現(xiàn)后的第９年，當(dāng)時(shí)的清政府終于完全接管了。這些藏品雖然是斯坦因、伯希和劫掠后剩下的，但畢竟還有8000多件，數(shù)量還頗為可觀。但是，誰(shuí)也不會(huì)想到，從敦煌到北京，這些藏品竟會(huì)經(jīng)歷怎樣一個(gè)苦難旅程。學(xué)部的調(diào)令由剛剛調(diào)任的甘肅藩司、代理巡撫何彥升負(fù)責(zé)。他命令敦煌知縣陳澤藩查點(diǎn)剩余經(jīng)卷，送達(dá)蘭州。在王道士管理藏經(jīng)洞的時(shí)候，藏品的流出都是在秘密的狀態(tài)下發(fā)生的，只有極少數(shù)人了解一些情況。現(xiàn)在，北京的命令和蘭州的執(zhí)行，使得藏經(jīng)洞有價(jià)值不菲的寶藏成了公開(kāi)的新聞，無(wú)人不知敦煌卷子價(jià)值連城。于是，一場(chǎng)以獲得藏經(jīng)洞藏品為目標(biāo)的游擊戰(zhàn)廣泛展開(kāi)。從敦煌到北京，變成了一條掠奪敦煌藏經(jīng)的戰(zhàn)線。

當(dāng)這輛大車停在敦煌衙門的門口時(shí)，便開(kāi)始了被偷竊的痛苦的歷程。沿途一路，大小官府如同層層關(guān)卡。官員們和經(jīng)手人雁過(guò)拔毛，不斷把手伸進(jìn)這“運(yùn)寶”的車中。他們根本不懂這寶物指何而言，只知道它們價(jià)值連城而決不放過(guò)機(jī)會(huì)撈一把罷了。文物，在純正的文化人的眼里是精神財(cái)富；在無(wú)知而貪婪人的眼里只是一種變相的黃金。

運(yùn)載經(jīng)卷的大車離開(kāi)藏經(jīng)洞，首先到達(dá)敦煌縣城。押送的人把車子停在官衙門外，大家入內(nèi)吃飯。在室內(nèi)大吃大喝的同時(shí)，門外的人就從大車上抽取經(jīng)卷。押送的人對(duì)于門外發(fā)生的事睜一只眼閉一只眼，裝作什么也不知道。負(fù)責(zé)招待押送官的人與門外抽取卷子的人實(shí)際上就是同伙。從敦煌，經(jīng)過(guò)酒泉、高臺(tái)、張掖、永登，到蘭州，蘭州以后再到定西，一路都有經(jīng)卷丟失，盜竊的人多采用類似的手法。

對(duì)敦煌卷子有興趣有盜竊機(jī)會(huì)的人都是當(dāng)?shù)氐纳蠈尤耸浚胤焦倩隆⒚俊⑧l(xiāng)紳，各有所得。敦煌卷子一時(shí)成為搶手貨，敦煌為官者乃至甘肅的為官者，甚至于行伍出身的軍人，也無(wú)不以得到敦煌經(jīng)卷為快慰。實(shí)際上，多少人參與這一路的盜竊，有多少經(jīng)卷流失，如今已成了永遠(yuǎn)的謎。