《揚州大學學報(高教研究版)》編輯部是在原江蘇農學院、揚州師范學院、揚州工學院、江蘇商業?？茖W校等高校學報編輯部的基礎上，于1997年揚州大學合并辦學5周年之際成立。1997年創刊《揚州大學學報(人文社會科學版)》（雙月刊）、《揚州大學學報(高教研究版)》（季刊），2004年改為雙月刊；1998年創刊《揚州大學學報(自然科學版)》（季刊）；1999年將《江蘇農學院學報》更名為《江蘇農業研究》；2002年將《江蘇農業研究》更名為《揚州大學學報(農業與生命科學版)》（季刊）。

《揚州大學學報(高教研究版)》（雙月刊）創刊于1997年，是綜合性高等教育研究刊物，堅持理論聯系實際研究和探索高等教育改革與發展的各類問題，既發表高等教育改革與發展的理論性研究論文，也刊登具有普遍指導意義的高校教育教學改革的實踐經驗，內容覆蓋了高等教育的方方面面。本刊特別關注教育熱點，反映前沿學術動態?！陡咝Ｎ目茖W術文摘》、中國人大復印資料中心、《教育文摘周報》、《新華文摘》等都不同程度地轉載、摘引本刊所發論文。本刊為江蘇省期刊方陣優秀期刊、第二屆全國優秀社科學報。

《揚州大學學報（農業與生命科學版）》（季刊）(原《江蘇農業研究》、《江蘇農學院學報》，2002年更為現名)是揚州大學主辦的綜合性農業與生命科學學術期刊。本刊被列為國家科技部中國科技信息研究所《中國科技論文與引文數據庫》、中國科學院文獻情報中心《中國科學引文數據庫》統計源期刊、中國科技核心期刊、北大圖書館“全國中文核心期刊”，被聯合國糧農組織AGRIS、英國CABI、動物學記錄（ZR）、美國DIALOG、化學文摘（CA）、波蘭哥白尼索引（IC）、國內所有以“中國”名頭出版的農業文摘類期刊和部分醫學文摘期刊及《中國生物學文摘》、《中國學術期刊(光盤版)》等作為一次文獻源期刊收錄。

《揚州大學學報（農業與生命科學版）》主要刊登農業科學、動物科學、動物醫學、生物技術、園藝、植物保護、食品科學、基礎醫學等學科的學術論文。主要欄目：農學、動物科學、動物醫學、生物技術、園藝、植物保護、食品科學、基礎醫學等學科的學術論文。

《揚州大學學報（農業與生命科學版）》獲全國中文核心期刊、第二屆江蘇省期刊方陣雙十佳期刊、全國高校自然科學學報一等獎。

《揚州大學學報（人文社會科學版）》（雙月刊）創刊于1997年，系綜合性人文社會科學學術刊物。該刊注重選題，努力反映人文社會科學最新研究成果；關注現實，積極為地方經濟建設服務；體現特色，弘揚歷史文化名城優勢。

《揚州大學學報（人文社會科學版）》該刊堅持學術性，強化理論性；堅持時代性，強化功能性；堅持現實性，強化特色性，致力實施精品戰略。該刊大力發揚學校人文社會科學學科優勢和揚州歷史文化名城之地域特色，并精心打造“中國特色社會主義理論研究”、“蘇中地區經濟社會發展研究”和“揚州文化研究”等特色欄目。該刊為中國人文社會科學核心期刊、中國期刊方陣雙效期刊、全國百強社科學報、中國人文社科學報核心期刊、全國中文核心期刊。